Осенью 1941 года, когда Анатолию было всего 16 лет, он добровольно ушёл на фронт. Служил пулемётчиком в зенитной части на Волховском фронте, защищал гидроэлектростанцию от налётов немецкой авиации. Позже воевал на Ленинградском, 1-м и 2-м Прибалтийских фронтах, участвовал в освобождении Тихвина, Нарвы и Прибалтики, дошёл до Германии, а затем его часть отправили на Дальний Восток. 25 июля 1945 года старшего сержанта Анатолия Рожкова наградили медалью «За отвагу» — за бой под Тихвином 6 декабря 1941 года.