В первые дни войны Пчелинцев пришёл в военкомат добровольцем, но получил отказ. Студенты старших курсов имели отсрочку — им разрешали не идти на фронт, чтобы закончить учёбу. Тогда он отправился на строительство оборонительных рубежей на Карельском перешейке. Там создавали окопы, рвы и заграждения, которые помогали задержать врага.
Позже Пчелинцева направили в 83-й истребительный батальон НКВД — государственной службы, следившей за порядком и безопасностью внутри страны. В батальоне он боролся с диверсантами. Диверсанты — это враги, которые тайно проникали на территорию нашего государства, чтобы взрывать мосты, портить технику и запугивать людей.